El variado paisaje del recorrido de Alcaracejos Mozárabe conlleva una importante biodiversidad con una flora y fauna muy diversa. En Alcaracejos Mozárabe podemos disfrutar de todo el esplendor del monte mediterráneo y de la dehesa, así como de la singularidad que ofrece el olivar de montaña, salpicado por manchas de maquis que son auténticas reservas de especies animales y vegetales. Este entorno puede satisfacer al naturalista más exigente, ya que es un espacio único para la observación de aves o conocer la impresionante variedad floral que existe en el mosaico de paisajes que se pueden admirar entre la sierra y Alcaracejos.
Una de las características de estos espacios reside en la generación de distintos microclimas que propician una amplia diversidad. Las umbrías más húmedas contrastan con las solanas olivareras donde el suelo está más expuesto a laboreos. Igualmente, los valles de ríos y arroyos se convierten en reservorios de flora y fauna que ofrecen cualidades muy cambiantes en pequeños tramos de paisaje.
Flora
La variedad botánica que ofrecen los distintos paisajes y formaciones arbóreas y de matorral es muy amplia. En Alcaracejos Mozárabe podemos admirar un amplio abanico de quercus: encinas, alcornoques, carrascas, quejigos e incluso algún roble melojo en las umbrías más frescas y de mayor altitud del Calatraveño. Estas especies alternan con un matorral noble de gran calidad: madroños, ahulagas, jara blanca, jara pringosa, jaguarzos, tomillo, romero, cantueso, brezo…, entre otras especies.
Las riberas de los ríos arroyos son un reservorio especies vegetales: frenos alisos, olmos, tamujos, zarzas, rosales silvestres, adelfas, carrizos… que sirven de refugio a una importante fauna. Además, las riberas de los ríos, con las zonas de roquedo, no han estado expuestas tradicionalmente ni a la labor ni al pastoreo, por lo que nos ofrecen auténticas formaciones preforestales, conservadas intactas en el paso de los siglos. En el extremo opuesto del paisaje, con menor densidad de arboleda y matorral, las dehesas y las estepas ofrecen una gran variedad floral durante todo el año. La belleza cromática y el pulso de color que ofrecen las dehesas en primavera es un auténtico espectáculo para los sentidos.
Para los aficionados a la micología, el catálogo de especies es amplísimo. Pero baste con citar el níscalo, las macrolepiotas, los boletus o los champiñones como ejemplo de una variedad que se debe conocer antes de optar por su consumo.
Fauna
La fauna que podemos contemplar en el recorrido de Alcaracejos Mozárabe es tan diversa como la flora y los paisajes. Si queremos observar fauna en su medio es fundamental ir equipado con prismáticos, vestir con ropa de colores poco llamativos y caminar en silencio. Los valles del Guadalbarbo y del Cuzna son enclaves ideales para contemplar distintas rapaces como el águila calzada, la perdicera o incluso la real y, puntualmente, la imperial. Los buitres leonados y los negros son muy frecuentes en los cielos de Alcaracejos mozárabe. Sus bandadas sobrevuelan las dehesas en busca de cadáveres de ganado. Según la época del año, el monte mediterráneo y el encinar acogen especies como el herrerillo, el carbonero, el petirrojo, el zorzal, currucas, cariceros, entre otros paseriformes, cuya variedad en esta zona es muy amplia. Una de las especies más singulares, el martín pescador, es frecuente en los ríos y arroyos, donde comparte espacio con la nutria, frecuente en las pozas del Cuzna. Los ríos atraen también ánades, fochas, garzas reales, garzas comunes y, en algunos casos, cigüeñas negras.
Tejones, zorros o garduñas son algunos de los depredadores más destacados de estos predios. Incluso el lince comienza a verse por el monte en este sector de la sierra. Los programas de reintroducción del Guadalmellato contemplan como áreas prioritarias de expansión de esta especie los valles del Cuzna y del Guadalbarbo. El gran felino ya habita algunos enclaves de los que recorre Alcaracejos Mozárabe y es una muestra de la calidad ambiental que exhibe el entorno de este recorrido.
La fauna cinegética es muy destacable y atrae cada año a las zonas acotadas a muchos cazadores. Ciervos y jabalíes son frecuentes. Incluso hay cotos donde se han introducido muflones y gamos. Conejos, liebres, palomas torcaces y tórtolas son las especies más destacada de caza menor junto al zorro, muy frecuente en todos los paisajes de Alcaracejos Mozárabe.
Ya en las zonas más cercanas al pueblo, sembrados, huertas y olivares podemos ver en invierno aves migratorias como las avefrías, que llegan en invierno, o las grullas, que aparecen puntualmente en las dehesas más aclaradas y cuyo vuelo en bandadas es fácilmente divisable. Cogujadas, alondras, cigüeñas, rabilargos, urracas, sisones y otras esteparias son abundantes en estos paisajes abiertos.